在2024年，宇宙爆發一場巨大的碰撞，這場碰撞引起了星際元素的激烈變化，原子少年決定駕駛太空船前去一探究竟，旅程中，他們遇到了來自六顆遙遠星球的54位神秘少年，這些少年每個人都擁有獨特的力量，有些擁有操控元素的能力，有些則能穿越時空或與萬物心靈相通，隨著故事的展開，原子少年發現與這些神秘少年之間，存在著某種隱秘的聯系，他們的命運正緊緊糾纏一起并與宇宙的未來息息相關。